第二幕
幕间曲过后，舞台上出现的是戴着面具的Firmin和Andre，时间已经是继吊灯坠下后大概6个月了。已经是新的一年。期间，Phantom没有再来打扰任何人，新的吊灯也安装好了，于是人们在剧院里举办了一次化妆舞会(Masquerade)来庆祝这新的生活。已经秘密订婚的Christine和Raoul也在人群中携手共舞。虽然Raoul很希望公开这个秘密，但是Christine依然害怕Phantom会知道后威胁他们的生活，要求Raoul继续保密，并把Raoul给的订婚戒指串在项链上，而不是戴在手上。Raoul虽然不是心甘情愿，但也无可奈何。
正在欢乐进行到高潮的时候，突然出现一个戴着红色死神面具的客人，大家都被这奇异吓人的装束震住了。来者正是销声匿迹许久的Phantom。他带来了刚刚写就的一出歌剧《唐璜的胜利》（Don Juan Triumphant）要求剧院上演。并且，在再度消失前，他从Christine脖子上夺走那枚戒指，告诉她他还没有放弃她。
舞会不欢而散，Raoul见Giry夫人心事重重，就上前询问她是否知道Phantom的底细。Giry夫人在Raoul的苦苦劝说下，这才道出Phantom的来历。原来几十年前，巴黎来过一个江湖马戏团，除了表演杂耍，他们还展出一些畸形人供大家娱乐，其中有一个被关在笼子里的怪脸人，却是一个知识渊博的建筑师，音乐家。后来，这个怪脸人逃出了笼子，大家遍寻不着，都以为他已经死在某个角落。而Giry夫人则清楚意识到，之后出现在歌剧院的Phantom，就是这个怪人。Raoul听到这一切，心中飘过一丝寒意，还想继续追问，但是Giry夫人已经不敢再说下去，他也只得作罢。
两位经理对着新的总谱一筹莫展，说实话，他们不想听从Phantom的命令，但是实在害怕再来一次意外。这时，他们又收到了Phantom发来的字条，上面对歌剧院的人事安排等做出了一系列的指示。接着，Carlotta和Piangi又闯了进来，大呼小叫，原来Phantom给Carlotta在戏中安排的是一个只有合唱的小配角角色。Carlotta无法接受，说这是对她的侮辱。Raoul带着Christine前来询问两位经理到底有无决断，是否让Christine出演主角。而Giry夫人又带着另一张字条匆匆赶来。Phantom在这张最后指示中声明他的要求必须都得到满足，否则，更大的灾难将会等着他们。大家一时没了主意
Raoul突然觉得这是一个很好的机会，便跟两位经理商议一切按照Phantom的意思办，但是另外他们将布置岗哨，诱捕Phantom。Giry夫人听了十分惊慌，极力劝说他们，但是三人不听，Christine虽然百般恳求他们不要让她陷于其中，但是经不起Raoul的规劝，遂答应了他。当然，Phantom也没有错过他们的谈话。
于是乎，一切都开始行动，Reyer先生开始给大家排练新的歌剧，在嘈杂的排练房里，正当人们忙碌而且紧张到了极点的时候，突然放置一旁的钢琴在没有人弹奏得情况下自己弹出了排练曲目。惊惶失措的Christine夺路逃出，来到了父亲的墓地前，向墓碑上的父亲塑像诉说着自己的忧虑和恐慌，希望能得到他的帮助。突然，Phantom又出现在了她面前。Phantom告诉她自己就是他父亲说的Angel of Music，就是来引导和保护她的。被过度惊吓的Christine再次被Phantom迷惑住。这时Raoul也闻讯赶到了墓地，并力劝Christine不要相信Phantom的话。Phantom企图挑逗Raoul上前跟他决斗，但是Raoul被Christine制止并一起逃离了墓地。Phantom愤怒之余，发誓要报复他们两个人。
地点回到剧院，Raoul和两位经理正在紧急安排警察布哨布岗，准备在《唐璜的胜利》的首演式上，在5号包厢抓住Phantom。不过这一切都没有逃过Phantom的耳目，Phantom的声音在剧院各个角落响起，嘲笑他们的狂妄，并且挑战他们说如果真想抓他，就尽快开演《唐璜的胜利》。Raoul也决定破釜沉舟，和Phantom做最后一次较量。
演出在合唱中开始了，按照剧情。Piangi扮演的Don Juan和其仆从为了设计引诱由Christine扮演的女主人公，进入舞台上的隔间换上仆从的服装。但是Phantom早已设计好了在隔间内用旁遮普套索吊死了Piangi，然后换上了剧情中的斗篷，遮住自己的脸，出来和Christine一起演唱了剧中一段优美的咏叹调The Point of No Return。演出中，Christine偶然触碰到了Phantom的面部，发现对方并不是Piangi，就掀开了斗篷，一时间大家被舞台上的突变吓住，而Raoul为了不伤害Christine，也阻止了士兵开枪。Phantom按捺不住内心的渴望，用柔和的嗓音，向Christine表明爱意，而Christine也勇敢地揭下了Phantom的面具，让观众们都看到了Phantom的扭曲的相貌。在一片惊呼声中，Phantom带上Christine，再次消失在众目睽睽之前，让Raoul精心布置的陷阱落了空。同时，舞台上的人们也发现了早已死在布景后面的Piangi。
Raoul一时没了主意，但是Giry夫人提醒他赶快跟着她去地下室，并嘱咐他一定要记住将胳臂举过头顶，以防Phantom再次使用旁遮普套索袭击他们。同时，几乎所有的人都出动，一边高喊抓住凶手，一边到处查找Phantom的踪影。
Phantom果然又带着Christine来到地下室，他正沉浸在小小获胜的喜悦中，突然又被远远传来的人们的叫喊声搅乱心情。他质问Christine，为什么这个世界会对他这么不公平，仅仅因为他长了一副令人可怕，连他的母亲都不忍正眼以对的面容。Christine告诉他，之所以觉得世界对他不公，不是世人的错误，而是因为他自己囚禁了自己的灵魂，并且与世人为敌，为了达到目的而不惜杀人或者夺取他人所爱。所以，她对他的感情，已经从同情转为憎恨，而没有丝毫的爱。
正在这时，Raoul已经赶到地下室，但是被阻隔在铁栏之外。他哀求Phantom可以对他做任何事，但是一定放过Christine。Phantom被他的打搅激怒，趁他不防，用旁遮普套索套住了Raoul，并且逼迫Christine做出选择：
1）要么用Raoul的生命换取她的自由；
2）或者披上Phantom准备的婚纱，换取Raoul的生命。
尽管Raoul表示自己可以为爱牺牲生命而在所不惜，但是Christine不忍爱人的牺牲。她最终鼓起勇气，告诉Phantom，她将告诉他，爱的力量，会有多么强大，上帝终究会拯救Phantom的灵魂。然后，给了Phantom一个吻……
尾声
一个意味深长的吻，如同天上的造物主的光辉，照亮了Phantom的封闭的心灵。Phantom被Christine的坚定的爱的力量彻底折服。他松开了Raoul脖子上的旁遮普吊索，对Christine和Raoul挥了挥手，让他们赶快离开，并且不要再回来也不要跟旁人提起这里的一切。
Christine和Raoul相依走到门口，突然Christine回头跑到Phantom身边，将Phantom之前给她戴上的戒指摘下，还给Phantom。Phantom强捺悲哀，目送Christine离去。然后悲哀地唱出“It's over now,the music of the night--”，然后慢慢地走向舞台一角的王座。
正在此时，Meg带着众人也找到了地下室这里，在她们进到地下室之前，Phantom钻入绸布内，他的宝座上，只留下Phantom的一只面具。
多年以后，Christine去世，已是白发苍苍的Raoul带着拍卖所得的八音盒来到Christine的墓前，正感伤时，突然猛地一怔：Christine的墓前不知何时摆放了一支红玫瑰，上面用黑色的丝带系着一枚戒指，正是当年Christine还给Phantom的那一枚，Raoul四处环视，却一无所获……
剧终……